Más de un siglo durarían los trabajos que se llevaron a cabo en cinco fases. 1707 es el año en el que se data su finalización. La esbelta torre que remata la basílica se levantó en 1614.

En el interior del templo se custodia la imagen de la Virgen de La Encina, patrona de Ponferrada y de toda la comarca del Bierzo. Se la conoce cariñosamente como La Morenica y preside el retablo de madera policromada del altar mayor, de la escuela de Gregorio Fernández.

Hizo dos intentos por convertirse en Colegiata, pero en ambas ocasiones le fue denegado, la primera por perder el informe y la segunda esgrimiendo la oposición a tal petición de la villa de Ponferrada, el obispo y el cabildo.

Según la leyenda, la historia de la imagen de la virgen se remonta a la época de los templarios que, al parecer, fueron quienes la encontraron. Debió ser traída de Tierra Santa por Santo Toribio de Astorga que la transportó escondida en el tronco de una encina para impedir que cayera en manos de los musulmanes.

Otra versión dice que ante las invasiones árabes se escondió la imagen de la virgen en un lugar seguro para protegerla y, después, su rastro se perdió hasta que, también ésta atribuye el hallazgo a la Orden del Temple, fue encontrada en el interior de una encina.